Pada Januari 2006, Rapid KL memulakan pembaharuan menyeluruh bagi laluan-laluan bas bekas Intrakota dan Cityliner yang diwarisi Rapid KL. Sewaktu Rapid KL mengambil alih pengendalian bas daripada kedua-dua syarikat tersebut pada Oktober 2003, terdapat 98 laluan stage bus dan 39 laluan feeder bus.

Pembaharuan tersebut melibatkan melakar semula kesemua laluannya dan mengaturkannya semula berdasarkan konsep "hub and spoke". Empat jenis perkhidmatan dihasilkan, iaitu laluan Ekspres, Bandar, Utama dan Tempatan.

Perkhidmatan laluan Ekspres beroperasi dari suatu tempat ke suatu tempat tanpa atau dengan sedikit hentian di tengah laluan. Perkhidmatan bandar beroperasi dalam pusat niaga Kuala Lumpur yang menghubungkan lima hab utama bandar. Bas laluan utama melalui perjalanan dari hab-hab ini ke hab-hab subbandar atau setempat di luar pusat bandaraya dan cuma berhenti di hentian bas tertentu di sepanjang perjalanan. Perkhidmatan tempatan pula beroperasi dari hab subbandar/setempat ke kawasan perumahan.

Bas tempatan mengambil penumpang dari pelbagai kawasan perumahan dan membawa mereka ke hab subbandar/setempat. Perkhidmatan utama seterusnya membawa mereka ke hab bandar di mana perkhidmatan bandar akan menamatkan perjalanan mereka di destinasi mereka. Ini akan diulang dalam perjalanan balik ke arah yang lain.

Menurut RapidKL, terdapat 3 laluan ekspres, 15 laluan pengantara bandar, 19 laluan utama dan 140 laluan tempatan secara keseluruhannya. Pada September 2006, Rapid KL mengendali 849 buah bas yang berkhidmat di laluan-laluan tersebut.

RapidKL juga membahagikan Lembah Kelang kepada enam kawasan dan sistem penomboran bas banyak menuruti nombor zon masing-masing.

Pembaharuan ini menerima reaksi bercampur-campur dari para pengguna.